Kui CNC-süsteem on aktiveeritud, programmeeritakse soovitud lõiked tarkvarasse ja dikteeritakse vastavatele tööriistadele ja masinatele, mis täidavad mõõtmetega ülesandeid täpselt nagu robot.
CNC-programmeerimisel eeldab numbrisüsteemi koodigeneraator sageli, et mehhanismid on veatud, hoolimata vigade võimalusest, mis on suurem alati, kui CNC-masin suunatakse lõikama samaaegselt rohkem kui ühes suunas. Tööriista paigutuse arvjuhtimissüsteemis kirjeldatakse sisendite seeriaga, mida tuntakse osaprogrammina.
Arvjuhtimismasinaga sisestatakse programme perfokaartide kaudu. Seevastu CNC-masinate programmid juhitakse arvutitesse väikeste klaviatuuride kaudu. CNC programmeerimine säilib arvuti mällu. Koodi ise kirjutavad ja redigeerivad programmeerijad. Seetõttu pakuvad CNC-süsteemid palju suuremat arvutusvõimsust. Mis kõige parem, CNC-süsteemid ei ole mingil juhul staatilised, kuna uuendatud koodi kaudu saab olemasolevatele programmidele lisada uuemaid viipasid.